La trama gira en torno a la vida de dos estudiantes de secundaria: Daisuke Suwa y Hinako Aikawa. Daisuke es un joven amable y popular en la escuela, pero guarda un oscuro secreto relacionado con su pasado. Hinako, por otro lado, es una chica introvertida y tímida que ha estado ausente de la escuela durante un tiempo debido a una enfermedad. Cuando Hinako finalmente regresa, ella y Daisuke comienzan a interactuar más.A medida que se desarrolla la historia, se revela que Daisuke y Hinako compartieron un pasado en común. Hinako confiesa a Daisuke que antes de enfermarse, sufrió un trauma devastador que cambió su vida por completo. Este trauma resultó en un embarazo no deseado cuando ella era joven, y dio a luz a un bebé que luego fue abandonado. La relación entre Daisuke y Hinako se fortalece a medida que él la apoya emocionalmente y la ayuda a enfrentar su doloroso pasado.
El manga explora temas de superación personal, perdón y aceptación. Daisuke se convierte en un apoyo vital para Hinako, mientras ella trata de lidiar con su pasado traumático y las emociones abrumadoras que lo acompañan. A medida que los personajes profundizan en sus propias heridas emocionales, la relación entre ellos se vuelve cada vez más intensa y complicada, lo que lleva a momentos de amor, confusión y crecimiento personal.
«Bitter Virgin» toca temas sensibles y maduros, como el trauma, el abandono, la maternidad adolescente y la empatía. A través de la historia de Hinako y Daisuke, el manga explora cómo las personas pueden sanar y encontrar la fuerza para seguir adelante a pesar de las adversidades y los errores del pasado.
